Die Gesamtheit aller Mikroorganismen, die den Menschen besiedeln, stellt das Mikrobiom des Menschen dar. Dieses umfasst 10.000 verschiedene Arten von Bakterien, Viren, Pilzen und Einzellern. Die Flora von einzelnen Organen bezeichnet man als Darmmikrobiom, Hautmikrobiom oder Lungenmikrobiom. Durch ihre Stoffwechselprodukte beeinflussen die Mikrobiota das Hormonsystem, das Immunsystem und Stoffwechselprozesse. Ein Zusammenhang besteht auch zu bestimmten Erkrankungen wie Neurodermitis. Für die Gesundheit spielt das Mikrobiom im Darm eine große Rolle. Wie dieses zusammengesetzt ist, wird durch Mikobiomanalyse untersucht. Drei verschiedene Varianten (Enterotypen) wurden gefunden.
